Отмечается, что анализ инновационной активности в региональных промышленных комплексах (РПК) наиболее эффективно проводить, используя принципы институционально-эволюционного направления в экономике, системно-интегративного подхода к анализу компаний, системной регионалистики и кластерной теории. Предлагается методологическая структура, которая предполагает комплексное изучение инноваций в РПК путем объединения проверенных теоретических и методологических инструментов из различных экономических областей. Раскрыта системно-интегративная теория предприятия, которая предоставляет инструменты для анализа внутренней организации компаний, их способности к адаптации и интеграции новых знаний и технологий. Отмечается, что в контексте РПК важно понимать, каким образом отдельные предприятия формируют инновационные сети, создают эффект синергии и способствуют распространению инноваций на уровне региона. Констатируется, что в целом, предложенный комплексный подход способствует углублению понимания механизмов инновационного развития РПК и разработке эффективных стратегий для повышения их конкурентоспособности