Существует немало теорий и обыденных представлений, искажающих сущность научного атеизма, приписывающих ему не имеющие ничего общего с истиной черты и особенности, противопоставляющих его духовной культуре. Нередко в буржуазной и клерикальной пропаганде научный атеизм изображается средством борьбы с верующими и духовенством, с церковью и религиозным искусством; он противопоставляется достоинству личности и свободе совести.
Встречаются совершенно неверные суждения об атеизме как концепции, оправдывающей необоснованное разрушение некоторых культовых зданий, имеющих большое культурно-историческое значение, недооценивающей вклад в отечественную культуру, внесенный религиозными организациями и религиозными деятелями.
