В российских университетах сложились разнообразные практики проектирования и реализации магистерских программ. Вариативность связана с дифференциацией вузов по уровню финансирования, территориальному расположению и другими факторами. В условиях выхода России из Болонского процесса и поиска собственной модели реализации программ высшего образования необходимо исследование сложившихся практик управления программами магистратуры. В статье представлен анализ посвященных развитию магистерского образования полуструктурированных нарративных интервью с администраторами российских университетов. Анализ показал, что они сталкиваются с проблемами, диктуемыми жесткой регламентацией образовательного процесса на государственном уровне. Они вынуждены занимать позицию исполнителей задач вышестоящих инстанций, что делает управление менее гибким (реализуется т. н. транзакционное лидерство). Существуют типичные институциональные ловушки: редукция качества образования (сохранение высокой загруженности преподавателей в сочетании с несвойственными им бюрократическими функциями) и ловушка метрик (целевые показатели оказываются важнее сущностных изменений). Номинальная роль академических руководителей способствует открытию и развитию магистерских программ по инерции, без учета запроса рынка труда.