Статья посвящена актуальной проблеме обеспечения национальной безопасности Российской Федерации в условиях возрастания её роли в процессе межрегиональной интеграции. Широкомасштабное участие в системе мирохозяйственных отношений делает необходимым укрепление позиций России на международной арене. Это возможно лишь при наличии прочного социально-экономического фундамента в виде достаточно развитых и качественно взаимодействующих регионов. Основные направления формирования такого фундамента представлены через систему национальных интересов страны. В статье рассмотрены контрасты пространственного развития Российской Федерации в контексте ключевых вызовов и угроз национальной безопасности. Особый акцент сделан на специфику геостратегически значимых приграничных территорий, в частности, субъектов Российской Федерации, которые граничат со странами Евразийского экономического союза. На примере Омской и Новосибирской областей, которые возглавляются городами-миллионниками, раскрыты тенденции деформации внутрирегионального пространства: эффект «стягивания» населения в административные центры, «обезлюдения» сельской местности и т. п. Обозначены некоторые аспекты влияния тенденций пространственного развития на социально-экономическую устойчивость этих регионов и страны в целом как основу национальной безопасности и необходимость учёта данного фактора в стратегиях государственного развития.