В настоящий период развитие высшей школы России осложняет имеющийся дефицит молодых научно-педагогических кадров высшей квалификации, что требует анализа причин и изучения ретроспективы сложившейся ситуации, а также выявления методологических основ отечественной системы подготовки кадров высшей квалификации. В педагогической науке и практике пока не определены структура и содержание понятия «методология подготовки научно-педагогических кадров высшей квалификации» и не сформулированы векторы развития данной методологии с позиции исторического и педагогических аспектов. Цель исследования - проанализировать диалектику развития методологии подготовки научно-педагогических кадров высшей квалификации в России, на основе выделенных векторов развития определить направления ее трансформации для решения актуальных задач системы высшего образования. В ходе исследования установлено, что методология подготовки научно-педагогических кадров высшей квалификации с позиции диалектики развития в педагогической науке не рассматривалась. Авторами предложена классификация периодов и стадий формирования методологии подготовки научно-педагогических кадров высшей квалификации, уточненное понятие «методология подготовки научно-педагогических кадров высшей квалификации», определены направления ее трансформации на основе разработанных векторов развития. Практическая значимость видится в использовании результатов исследования педагогической практикой для совершенствования процесса подготовки научно-педагогических кадров, а также для обоснования государственных решений в этой сфере.