Федеральный государственный образовательный стандарт среднего общего образования (ФГОС СОО) предполагает углубление знаний в процессе внеурочной деятельности; обучающиеся, осваивавшие углубленный уровень, должны владеть методами научного исследования. Школьный экологический мониторинг (ШЭМ) реализуется через исследовательскую деятельность практической краеведческой направленности. Рассмотрен вопрос участия ШЭМ в формировании экологического мышления и навыков научно-исследовательской деятельности школьников профильных химикобиологических классов. Предлагается организовать ШЭМ для обучающихся в профильных классах с использованием простых и доступных методов микробиоиндикации почвы. На основании исследований, по зонам города Воронежа с разным уровнем нагрузки отобраны наиболее чувствительные методы микробиоиндикации: фитотоксическая активность почвы (метод почвенных пластинок, тест-растение редис или редька масличная, показатель - ингибирование роста зародышевого корешка) и содержание азотобактера (метод обрастания почвенных комочков на безазотистой, селективной среде Эшби). Продемонстрирована информативность данных показателей - корреляция с уровнем загрязнения почвы разных городских зон (рекреационной, селитебной, транспортной). Разработан и реализован курс внеурочной деятельности с использованием разнообразных организационных форм: лекции, диспут, выездные экскурсии, лабораторный практикум, конференции, проектная деятельность. Статья поможет учителям и студентам-практикантам грамотно организовать и провести экологический мониторинг городских почв в профильных классах средней школы.