Совокупность требований устойчивого развития создает сложную системную проблему, решение которой напрямую зависит от создания адекватного инструментария для анализа стратегических направлений устойчивого развития агропродовольственных систем различного уровня. Целью авторов настоящей статьи был анализ современных предложений российских исследователей по совершенствованию методов стратегического планирования устойчивого развития продовольственных систем и актуальных возможностей их дополнения и развития. В современных условиях влияние неопределенностей внешнего экономического окружения, межрегионального обмена продовольствием и изменения биоклиматического потенциала территорий необходимо рассматривать в рамках единой задачи перевода продовольственной системы нашей страны в режим безопасного и устойчивого развития. В этих условиях аппарат экономико-математического моделирования требует существенной доработки, обеспечивающей большую системность отражения действительности, что является актуальной научной проблемой. Модель АПК и информационно-аналитическая система Декарбон-СХ, представленные с различных сторон в настоящей работе, обладают параметрами, позволяющими их использовать в рамках созданной цифровой платформы стратегического планирования.